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罹患大病后，有效利用农村合作医疗保险可以抵扣一部分医疗费。如何使用农村合作医疗保险报销呢？主要可以从以下几个方面分析：
（一）大病保底补偿
“保底报销”是指：按前文描述的住院报销规定计算的实际报销所得金额与住院总费用减起付线的余额相比，如低于Y%（保底报销比例），则按（住院总费用-起付线）×Y%（保底报销比例）计算其报销金额（不含V类医疗机构）。对不同额度的住院医药费用实行分段保底报销，各费用段的保底报销比例如下：
住院费用段 | 5万元以下部分 | 5--10万元段 | 10万元以上部分 |
保底报销比例（Y%） | 40% | 50% | 60% |
注：1、年内多次住院者，可累计其住院医药费用，扣除每次住院的起付线金额后，对应上述分段比例，计算“保底报销”金额。2、实行按病种付费的大病报销比例不执行此表规定。 |
（二）住院报销封顶线为20万元（参合患者当年住院获得报销的累计最高限额）。
（三）大病救助。对特殊重大疾病，按报销方案的规定给予报销后，如果其个人自付费用仍然超过2万元，对其中的2万元以上的部分，符合医疗救助条件的再由县民政部门给予“重点救助”。具体救助方式和金额，按省民政厅、卫生厅、财政厅等部门文件执行。
（四）二次报销。如果年底基金结余较多，按照省卫生厅《转发卫生部关于规范新型农村合作医疗二次报销指导意见的通知》要求，视基金结余数量，对重大疾病患者实施二次报销。
（五）住院分娩报销。参合产妇住院分娩（含手术产）定额补助500元。分娩合并症、并发症，其可报销费用的1万元以下的部分按40%的比例给予报销，1万元以上的部分按同级医院疾病住院报销比例执行，但不再享受定额补助。
