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此次改革试点中，全科医生服务将实行人头包干的支付制度，建立服务导向的分配机制，形成自由选择的竞争机制，构建分级诊疗的协作模式。不过，有专家认为，人头包干的服务费用支付方式有待改进，否则医生很可能会为了增加服务量，而忽视了服务的质量。
另外，有人提出，全科医生一年签约一次，如果在年中对服务质量不满意，怎么办?还有人说，按人头包干，不管居民年龄大小、身体好坏，收费标准都一样，这合理吗?
华中科技大学同济医学院医药卫生管理学院教授陶红兵介绍，“为了对医疗机构形成正向激励，在人头预付的基础上，根据管理的居民疾病风险程度和年龄等因素进行适当权重，对不同居民的签约费用加以区别，这样可以更好地体现全科医生的工作量，同时也可保障医生的服务质量。”
从医保制度的设计来看，可以借鉴台湾的总额预付制度，在地区总额预付的基础上，对医院提供的医疗服务根据疾病风险程度测算一定点数，总额除以地区所有机构的总点数，就是每点的点值，如果病人多或者严重程度高，则会降低每点的点值，这样可以鼓励医院密切和社区的合作，加强健康教育和慢病管理。
此外，从对医生的监管来说，中科院院士、北京协和医学院校长曾益新认为，我国还缺乏一整套完整的考评体系。有的国家如英国、加拿大，针对医生有很完善的考评标准和体系。对医疗机构的管理、服务质量和诊疗效果也有专门的机构进行评估，在我国，类似的全方位监管体系还有待建立。
对社区居民而言，全科医生的诊疗水平高低，是决定是否愿意签约的关键。而对医生而言，试点后有效签约率的高低，会直接影响服务的可持续性。其实，在试点之前，一些城市已经开展了家庭医生服务，但是大部分地区家庭医生服务因为人手不足、吸引力不强难以展开，或因覆盖面不广，甚至服务包内所有项目都是免费的，最终难以持续。
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