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在药品价格形成机制方面，药交所参考20多个省市的药品和医疗器械招标采购价格，为入市交易的药品和医疗器械制定“入市价”，并规定企业的“挂牌价”不得高于“入市价”，防止企业价格虚高挂牌，交易双方在“挂牌价”的基础上再进行议价，最终形成成交价。
经过四年多的运营，药交所已发展成一个线上“药品超市”，1.4万家国内外生产经营企业和重庆市各级公立医疗机构成为会员，基本药物、非基本药物、医用耗材、检验试剂四大类、5.2万余个品规的产品在线交易，累计交易量已达500亿元。
统计数据显示，药交所运行四年多来，重庆市药品采购价格一直保持在全国中下水平，与全国各省市药品价格比较，整体降幅为9.22%；比周边五省(云贵川湘鄂)药品总体价格低4.90%，基本药物、非基本药物交易价格与过去的招标价格相比，平均降幅近三成。
尽管目前“药交所模式”的推广价值已经显现，但亟需国家层面予以统筹协调，打破药品流通的区域行政壁垒，开展跨区域药品交易平台试点工作，并逐步推动建设全国药品交易平台。
专家呼吁，国家层面宜给予政策支持并统筹协调，打破医药流通的区域行政壁垒，开展跨省药品交易平台试点工作，并逐步推动建设全国药品交易平台，使其与医保基金平台以及更多的医疗机构对接，让医疗、医保、医药在这个信息平台上联动起来，在全国范围内形成医药流通新机制，深化医药卫生体制改革。
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