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要了解一个国家的连锁药店发展历史，必须要对其医疗保险制度先做梳理。
日本的医疗制度是以全民强制性加入的公费医疗保险制度为主。日本是目前采取全民医疗保险制度的国家之一，在世界上享有盛名。其他国家，例如美国，公费保险只有以老年人为对象的MEDICARE和以低收入者为对象的MEDIAID两种，其他皆为民间保险，此外，尚未加入保险的民众约有4500万左右，是非常不均衡的医疗保险体系。
日本的医疗保险制度分为个体经营者参加的地方型保险（国民健康保险），和以企业就业者为主的职业型保险（健康保险、互助组合保险）等。
全民医疗保险制度根据所在地、收入和保险种类不同，投保人需缴纳的保费和自己负担的费用也不同。原则上，不分地域、收入和年龄，投保人可以自由选择医疗单位就诊，且采取统一收费制度。
（1）医疗保险的种类
地方型保险=国民健康保险=运营主体（保险者）为市町村和国家
职业型保险=政府掌管保险=运营主体为国家
组合掌管保险=运营主体为健康保险组合
互助组合保险=运营主体为公务员（国家、地方、教职员）互助组合
船员型保险=运营主体为国家
（2）医疗保险制度的支付和负担体制
医疗单位和处方药店报酬比例化
医院、诊所、处方药店必须接受指定才能成为适用健康保险业务的保险医疗单位和保险处方药店，未经指定不能实施保险诊疗，目前未实施保险诊疗业务的医疗单位相当少。
医疗单位实施诊疗所得收入，基于所谓诊疗报酬（处方药店为处方调剂报酬）比例表收取。医药单位收入比例表由厚生劳动省的咨询单位中央社会保险医疗协议会审议决定，通常每两年进行一次修订。
调配处方的保险处方药店的调配基本费用、调剂费、药学管理费、休息日和夜间加班等所有项目也实施报酬比例化，处方药店基于调配实际金额收取。
医疗保险有关医疗费用由税收（占医疗费用25%）、国民负担保险费以及就诊时所负担费用构成。除接受生活保障的人外，就诊时所负担费用比例分别为30%（一般民众）、10%（70岁以上）、20%（不满3岁）。其中所负担比例，因制度改革会有些许变化。
（3）适用医疗费用的对策
日本是世界排名第一的长寿国。2005年平均寿命，男为78.5岁，女为85.4岁，这得益于医学和药学的进步以及全民保险体制。但是随着低出生率和老龄化社会的推进，医疗费用急速上涨，如何抑制医疗费用的增长成为目前最大的课题。
日本总人口数2005年约为1亿2777万人，其中65岁以上高龄人口超过20%。老年人容易患癌症、脑中风、心血管疾病、糖尿病等疾病，因此医疗费用比一般人高4~5倍。为此，政府建立了新的老年人医疗保险制度，着手推进使人们从年轻时就关注健康，且积极寻找生活习惯疾病的预防对策以及创建健康生活等。
（4）医疗政策和患者的意识
日本医疗政策，过去着眼于增加医疗单位数量。医疗内容也是以医生为主体的三角型体制，即封闭型、给予型医疗。但是，近年随着医疗环境的变化，从量变到质变，从以医生为主体、从依赖合作医疗、经验和直觉的诊疗向利用EBM（循证医学）、IT（情报技术）等方向转变。患者的意识也从医生依赖型向患者主体医疗方向转变。
医药经济报
日本的医疗制度以公费医疗的保险制度为主
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