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公开数据显示，目前，全国参加医疗保险的人数已经达到了13亿，全民医保的局面已经初步形成。现在的基本情况是，城镇居民基本医疗保险、城镇职工基本医疗保险是由人社部门主管；大部分新农合是由卫生部门主管。两个部门、两套完全独立运行的系统使城乡两个医疗保险割裂开来，为及时清理重复参保增加了难度。据郑秉文介绍，现在全国各地都在试点统筹城乡医保，有的地区是城镇、农村医保都划归人社部门管理，有的又却划归卫生部门管理，这在一定程度上，有增大了统一归口管理的难度。
现在很多专家对应该划归哪个部门统一管理，看法并不一致。郑秉文表示，总体来看，卫生部门主管，在医保基金控费方面有优势；而对于医疗保险的管理而言，是人社部门更有优势。卫生部专家应亚珍认为，新农合和城镇居民医保主要是来自财政支持，政府缴纳的费用在这两种医保中的占比都到达80％，因此，明显带有卫生福利性质，应该划归卫生部门管理，而郑秉文表示，医疗保险归根到底也是一个社会保险，应该由专业部门来管理，这样更节省成本、优化投入，提高效率。保险制度强调个人待遇和个人贡献、付出挂钩，这样比福利制度的思维更适合我国国情。
虽然在管理归口上看法不一，但郑秉文、应亚珍等专家均认为，要解决医疗重复参保问题的根本是，必须统一医疗保险的管理体制，尽快让所有医疗保险划归一个部门来管理，否则即使是推行统筹城乡的医疗保险，重复参保问题仍然会继续存在。
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