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经过不断改革与完善，我国已经初步建立多层次医疗保障体系。但目前的多层次医疗保障体系仍存在诸多问题，各项医疗保障制度的运行及衔接未能达到理想效果，没有实现卫生资源最优化配置，无法为全体人民提供充分的医疗保障。
我国医疗保障体系框架与特点
医疗保障体系是指一个国家各种医疗保障制度的集合。现阶段，我国的医疗保障体系主要包括基本医疗保险、大额医疗费用互助制度、企业补充医疗保险、公务员医疗补助、新型农村合作医疗、社会医疗救助和商业医疗保险。这几种医疗保障制度有以下主要功能与特点：
1、基本医疗保险是我国医疗保障体系的基础，实行个人账户与统筹基金相结合的运作方式，主要支付一般的门诊、急诊、住院费用，能够保障广大参保人员的基本医疗需求。
2、大额医疗费用互助制度是除参加公务员医疗补助以外的基本医疗保险参保人员必须参加的，属于基本医疗保险的补充形式。大额医疗费用互助资金，主要支付门诊、急诊大额医疗费用和统筹基金最高支付限额以上部分的医疗费用。大额医疗费用互助资金由用人单位与其职工及退休人员共同缴纳。资金支付不足时，财政给予一定的补贴，实行全市统筹，集中管理。
3、公务员医疗补助是国家为保障公务员医疗待遇水平不降低(与公费医疗制度相比)而建立的医疗补助，是对基本医疗保障封顶线以上部分的医疗费、门诊医疗费个人账户支付不足的部分、统筹基金支付中个人负担过重的部分给予的补助。
4、企业补充医疗保险是基本医疗保险的补充形式。有条件的企业和事业单位在参加基本医疗保险的基础上，可以为职工和退休人员建立补充医疗保险，用以支付基本医疗保险及大额医疗费用互助不能解决的费用。
5、新型农村合作医疗制度是运用政府资助、个人缴费和集体扶持相结合的筹资机制，以县为单位管理、政府为主导，以大病统筹为主，重点解决农村人口患大病而出现的因病致贫、因病返贫问题的一项农民初级医疗保障制度。
6、商业医疗保险是医疗保障体系的重要组成部分，由单位和个人根据权利义务对等原则自愿购买。可以为有不同医疗需求的人提供度身定做的医疗保障。
7、社会医疗救助是为保障城镇居民中享受最低保障待遇人员及农村未解决温饱人口等贫困群体的基本医疗而设立的保障制度。
这些功能各异、互为补充的医疗保障制度共同构成了我国现阶段多层次医疗保障体系。这个体系的建立经过了半个世纪的探索和改革。从上世纪50年代初期的公费医疗、劳保医疗到1998年城镇职工基本医疗保险制度开始建立，又到如今与基本医疗保险制度相配套的各项医疗保障制度陆续建立互相配合、衔接，共同组成了为我国人民的健康保驾护航的医疗保障体系。
现行医疗保障体系的现状及问题
(一)医疗保障体系建设缺乏明确目标及整体规划
我国的医疗保障体系建设尚缺乏科学合理的规划。到目前为止，还没有一个对于中国医疗保障体系建设长远规划的前瞻性研究，导致医疗体系建设遭遇“头痛医头，脚痛医脚”的尴尬。
1998年的城镇职工医疗保险制度改革，目标是减轻国家财政和国有企业的医疗费用负担，遏制由公费医疗、劳保医疗制度造成的医疗资源浪费现象。医疗保障的覆盖范围是城镇所有用人单位的职工，对于整个国家来说这只能算是一个局部的改革方案。中国是一个人口大国，也是一个典型的二元经济结构国家，城乡差异巨大、区域发展不平衡。不同地区的经济发展水平、医疗消费水平差距很大，靠一种制度、一个模式解决不了所有人的医疗保障问题。因此，为了解决基本医疗保险运行后产生的不公平问题，才出现各种医疗保障制度作为基本医疗保险的补充成。
如果从建立一个覆盖全国人民，适应各类人群的缴费水平和医疗需求的多层次医疗保障体系的角度来考虑医疗体系建设，把医疗体系当成一个有机的整体，充分发挥各种制度的和谐共生和衔接互补功能，就可以使医疗资源实现最优化配置、人民群众的医疗需求得到充分满足。
(二)基本医疗保险覆盖范围有限，难以起到基础性保障作用
2005年末，全国参加基本医疗保险人数为13783万人，而2005年末我国人口总数为130756万，其中城镇的人口总数为 56212万，参保人口占总人口的10.5%，占城镇总人口的24.5%，保险的覆盖面仍然较低，与“低水平、广覆盖”的目标还有相当差距。广大的城镇个体经济业主、乡镇企业及其职工、农民工以及儿童、无职业者没有纳入到基本医疗保险的范围内，造成了这些群体的医疗保障极度缺乏。同时，基本医疗保险政出多门，医疗基金增值缓慢，保费征缴困难，对定点医疗机构和药店管理不严，部分老职工和退休职工的医疗费用没有着落等问题仍然存在。由于社会统筹账户中，个人医疗费用支出与个人缴费数量联系不紧密，间接加剧了医疗成本的上涨，使收不抵支成为基本医疗保险制度运行的隐忧。
(三)商业医疗保险风险控制难度大，导致商业保险产品价格偏高，需求受抑制
1、我国商业医疗保险的发展现状
(1)发展速度快。中国保监会的统计数据显示，健康保险的保费收入保持了高速的增长。2005年健康险保费收入达312.3亿元，占人身险保费收入的8.4%，比上年增长20%，远超过人身险其他业务。
(2)发展水平滞后。从保险密度来看，我国商业医疗保险的普及率偏低。2005年我国人均健康险保费支出23.8元，远低于同期全国保险密度平均水平，投保商业健康保险的人数累计达到2.5亿人次，占全国总人口的19.1%，而美国的同期数据已经达到全国人口的80%。而从保险深度来看，我国商业健康保险占GDP的比重偏小，2005年健康险保费收入占GDP的比重为0.18%，与其他国家或地区的该项指标相比，也有着很大的差距。
2、我国商业医疗保险发展中存在的问题
(1)医疗成本控制乏力。由于医疗费用大幅度上涨，导致医疗成本逐年攀升。有关资料显示，近年来我国医疗费用的年平均增长速度超过了24%，大大高于GDP的增长水平。另外医疗机构普遍存在以药养医、利用自身信息优势诱导消费的现象，这不仅造成医疗资源的巨大浪费，也使得保险公司的医疗保险业务赔付率过高，只能获得微利甚至入不敷出。
(2)风险控制能力薄弱。由于一些公司尚未建立专门的医疗保险核保、核赔制度，难以控制道德风险的发生。同时，由于保险公司与医院之间难以形成利益共享、风险共担的合作机制，保险公司无法介入医疗服务的全过程，无法对医疗服务的合理性进行认定，控制医疗费用支出的能力薄弱。
(3)供需矛盾突出。医疗保险的需求潜力巨大，随着民众思想意识的转变及自我保障意识的提高，更多的人愿意寻求商业医疗保险的保障。另一方面，商业医疗保险的保障品种单一、险种大同小异，市场针对性较弱，经营对象与设计目的都已不适应社会各阶层的需要，抑制了商业医疗保险的发展。
(四)企业补充医疗保险缺乏明确的法律规定，资金管理运作存在风险
企业补充医疗保险是国家给予政策鼓励、由企业自主举办或参加的一种补充性医疗保险形式。建立企业补充医疗保险的形式有：(1)商业医疗保险机构举办；(2)社会医疗保险机构经办；(3)大集团、大企业自办。企业为职工缴纳的补充医疗保险费按国家规定的渠道列支：企业补充医疗保险费在工资总额4%以内的部分列入成本；超出4%的部分由企业税后利润负担。企业补充保险实质上是一种特殊形式的企业福利，可为企业职工谋取更高层次的医疗保障，其主要资金来源是职工福利基金或企业的税后利润。对于企业来说，补充医疗保险能起到激励员工、提高管理效率的作用；对于企业职工来说，补充医疗保险能降低患病后经济负担，是一种福利性保障措施。
国家虽然明确鼓励有条件的企业建立补充医疗保险，但对补充医疗保险如何实施和管理还没有明确的政策规定。目前建立了企业补充医疗保险的企业，既有员工人数逾万的大企业，也有仅有几百、几十名员工的小企业，各企业的补充医疗保险基金都归企业自行管理，这与多数人分担少数人风险的保险大数法则基础相去甚远。另外，国家对企业补充医疗保险基金的管理、支付、保值增值都没有明确的规定，致使这部分资金存在运作风险。
(五)新型农村合作医疗尚未走入正轨，保障水平有待提高
从2003年起，各省在中央政府的支持下纷纷选择经济和卫生基础较好的县(市)做试点，开始新型农村合作医疗的建设工作。截止2006年3月底，全国已有1369个县(市、区)开展了新型农村合作医疗试点，占全国总县(市、区)数的47.8%，参保人数占全国农业人口的42.3%，参保率为79。1%。新型合作医疗制度的实施提高了农民患病的就诊比例，缓解了“因病返贫”现象，在较大程度上解决了农民的基本医疗问题。
但新型农村合作医疗制度在实施中也存在一些不容忽视的问题：
1、新型农村合作医疗的保障水平有待提高。目前，农村合作医疗的筹资困难，补偿水平也不高，广大农民仍然看病难，还难于摆脱“因病致贫”。全国各试点地区住院费用平均补偿只有27.5%，一旦农民患大病住院仍需自付较多的费用。这不仅影响到合作医疗的保障水平，也影响到制度运作的质量和效果。
2、尚未建立起稳定的长效筹资机制。稳定、低成本的长效筹资机制是合作医疗持续发展的前提条件，但目前在政府筹资和农民筹资两方面均存在着亟待解决的问题。在政府筹资方面，尚未建立起对政府资金拨付及资金增加等问题的制度保证。中央和省级财政补助资金占合作医疗资金的50%以上，由于补助资金往往到下半年才到位，导致很多试点县报销前紧后松，存在上半年空账运行，年底出现资金沉淀等问题。此外，个别地市财政困难，补助资金事实上难以到位。在农民筹资方面，尽管筹资难度逐年下降，但农民的自愿缴费仍然是工作难度最大的环节。根据调查结果，仅有5%的农民认为目前筹资水平过高，因此收费难并非因为农民负担不起，而是受农村经济、社会文化特点、农民的价值观、合作医疗制度的实施等各种因素的影响，在相当长时期内采用农民自愿缴费的方式进行筹资仍然有相当大的难度。
3、合作医疗制度不规范，主要体现在：(1)合作医疗基金的管理主体混乱。部分地区以卫生局为管理主体，部分地区以县级医院为管理主体，甚至有部分地区以乡镇卫生院为管理主体，而这些管理者本身又是医疗服务提供者，其间的利益关系使得其管理行为容易出现偏差。(2)合作基金的报销制度混乱。由于没有经过准确的测算，合作医疗的报销起点、报销比例以及报销封顶线的制定缺乏科学依据，致使合作基金的运转缺乏良好的基础制度。(3)合作医疗基金财务管理混乱。一方面，合作基金的财务管理制度不健全，基金账目和管理费用账目没有分开，导致管理费用挤占合作基金。另一方面，合作医疗基金的管理还缺乏专业会计人员和先进的管理手段，绝大部分地区还是手工操作，信息收集和数据处理比较困难。
